Vom Linzer Hauptbahnhof entlang Westbahnstrecke, ab der Brücke über die Dinghoferstraße wird die City-S-Bahn unterirdisch zum Europaplatz, weiter bis zum Krankenhausviertel mit dem Kinderspital, AKH und UKH geführt.

Nach der unterirdischen Querung der Derfflingerstraße führt die Trasse dann wieder oberirdisch entlang der bestehenden Anschlussgleise zur Hafenstraße.

Donauquerung (entsprechend der noch erforderlichen Detailplanungen) und führt schließlich wieder unterirdisch entlang der Reindlstraße bis zum Mühlkreisbahnhof und mündet schließlich in die bestehende Trasse der Mühlkreisbahn.